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患者感染基孔肯雅熱後會出現發燒和嚴重關節痛。「基孔肯雅」是源自非洲馬孔德語中的一個詞，意思是「變得扭曲」，描述患者關節疼痛彎着腰的模樣。其他常見症狀包括肌肉疼痛、頭痛、噁心、疲倦和出現紅疹。症狀通常是自限性的，一般持續數天。但有些患者的關節痛可能會持續數月，甚至數年。

由基孔肯雅熱所引致的嚴重症狀及死亡十分罕見，並多數與其他已存在的健康問題有關。大部分患者可以完全痊癒。在偶爾的情況下, 基孔肯雅病毒可引起眼、心臟及神經的嚴重併發症。長者（特別是65歲以上）、幼童（特別是一歲以下的嬰兒）、孕婦及長期病患者出現重症的風險較高。現有證據顯示，曾經感染過基孔肯雅熱病毒的人士對再次感染具有免疫能力。